在食用菌生产过程中，杀菌是确保产品质量和安全的重要环节。食用菌富含蛋白质、多糖和水分，其栽培基质（如木屑、麦麸、棉籽壳等）同样是微生物滋生的理想环境。若杀菌不彻底，杂菌（如细菌、霉菌、酵母菌）会与食用菌菌丝竞争营养，导致污染、减产甚至绝收，部分霉菌还可能产生毒素，带来食品安全隐患。因此，杀菌贯穿于配料、灭菌、接种、发菌和出菇等多个阶段。
培养料的灭菌是核心步骤。常采用高温蒸汽灭菌：常压灭菌（100℃）适用于多数品种，需持续10—12小时以上，确保料堆中心达到杀菌温度；高压灭菌（121℃、0.1—0.15MPa）时间短、效果好，但需防止营养物质过度降解。灭菌后应严格无菌操作接种，避免二次污染。接种室、培养室和工具需通过紫外照射、化学消毒剂（如过氧乙酸、季铵盐类）或臭氧进行空间与表面杀菌，操作人员也应做好手部及衣物消毒。发菌期要控制温湿度并保持通风，抑制杂菌繁殖。
值得注意的是，杀菌需与“保护有益菌”相协调。过度杀菌可能破坏基质营养结构，增加能耗；而杀菌不足则风险更高。因此，应根据品种特性、设备条件和生产规模制定标准化杀菌程序，并加强环境监测与过程记录。科学、规范的杀菌管理是食用菌优质高产和食用安全的基础保障，也是现代食用菌工厂化生产不可忽视的关键控制点。
